在遥远的未来，地球受太阳风暴影响，地心开始融化，随后全球火山爆发。为了生存，以刀霸和美杜莎为首的各方势力为争夺生存资源，不断发动战争，巴沟村村民崔福来因为外星能量的出现，被迫卷入两方的争斗中，眼看着同伴、妻儿收到伤害，崔福来终于觉醒体内的外星能量，他能否打败恶势力守护当地和平？
海岛渔民邵风和朋友一起在海上意外捕获一只形态奇异的小章鱼，从而引来了基因公司老板和另外一股神秘集团的追踪。邵风与科学研究者女友刘子墨也被迫卷入这场风波，一齐遭到了巨型变异章鱼对人类的攻击。为了维护海洋生态和平邵风与子墨联手，决心阻止人类贪婪的基因实验计划..........
十年前痛失战友的战士，编号9527，接受穿越刺杀任务，却得知任务需要回到十年前的事件中射杀目标，而当时他的战友也在场，面对上级的强制命令，带着遗憾的9527面临两个选择1:完成任务，但战友会牺牲2:救回战友，但时间线会被扰乱。。。
剧情承接《铁甲狂猴之亡命雷霆》，雷霆击败力霸与铁刹之后，苍穹又派出了更为致命的博士与银狐来追杀雷霆，雷霆逐个击破。最终雷霆重新拾起铁甲狂猴的正义使命，与苍穹展开了最终大战。
